生活垃圾中轉站產生的污水來源于職工的生活污水；車輛、設備、場地的清洗污水；垃圾中轉裝箱過程中產生的滲瀝水和雨水等。
　　
　　采取雨水與污水分流制，雨水通過站內雨水管道排放到城市下水管道。
　　
　　沖洗污水和生活污水經沉淀后與其他污水混合后一起處理、排放。
　　
　　中轉站內污水治理中主要是垃圾滲瀝水。此水隨著垃圾成分、季節而變化，也因垃圾中轉工藝不同，產出量也有較大的變化。由于垃圾在中轉站內停留時間較短，在中轉時，垃圾滲瀝水量約為被處理垃圾量的5%~10%，其水質污染程度較高。目前國內外尚無十分完善且經濟的處理工藝。
　　
　　當前常用下述工藝方法進行處理。
　　
　　（1）稀釋排放
　　
　　稀釋排放方法是將垃圾滲瀝水經集水管流經濾層到集水池，與站內其他排放水（設備、場地的清洗水、生活用水等）混合后，再排放到城市污水管道，
　　
　　過濾不僅可以去除滲瀝水中的懸浮物，而且過濾層可將滲瀝水中的有機物、細菌等隨著懸浮物的去除而大量被去除。以應用石英砂作為濾料是zui普遍的。
　　
　　濾層的厚度不小于700mm，濾料為石英砂，粒徑為0.5~1.2mm。
　　
　　在濾層下面設有承托層，承托層采用天然卵石，承托層主要作用是防止過濾時濾料隨水流失。其組成共分4層，卵石粒徑自上而下分別為2~4mm、4~8mm、8~16mm、16~32mm；每層的厚度為100mm。
　　
　　濾層的過濾面積由滲瀝水的流量和濾層的濾速來決定。
　　
　　過濾集水池的結構設計由中轉站設計、建設單位根據市政排污（水）條件進行。
　　
　　此方法對污水進行了一定的治理，但尚未達到排放的要求。此污水數量與城市生活污水相比是極少的，所以污水經此法治理，降低了污染程度后排放，是目前常用的方法。
　　
　　（2）集中治理
　　
　　在中轉站內對粒徑滲瀝水進行治理，并達到環保排放要求，必須對滲瀝水進行深度的專業處理。由于生活垃圾中轉站是按區建設的，其規模不大。當規模不超過日處理量1000t垃圾時，其滲瀝水日產量約為50t/d，為此中轉站內建設一個專業的滲瀝水處理站，投資和日常運行費用均較高，而已建成的專業污水處理廠的處理能力均較大，有一定的富裕，因此，可以考慮將在中轉站內的垃圾滲瀝水經沉淀去渣后，將此水運送到專業污水處理廠集中處理，是一種既經濟又合理的污水治理策略。
　　
　　（3）專業達標治理
　　
　　①滲瀝水排放標準
　　
　　滲瀝水經處理后排入下水道至城市污水系統，出水水質應達到“污水排入城市下水道水質標準”，主要指標如下表所示。
　　
　　表滲瀝水排放指標摘要
　　
　　CODCr/（mg/L）BOD5/（mg/L）SS/（mg/L）pH
　　
　　5003004006
　　
　　②滲瀝水處理工藝
　　
　　進入處理系統的滲瀝水首先經粗格柵去除體積較大的雜物，然后經泵房和細格柵去除較細小的雜物。經過細格柵的滲瀝水進入曝氣隔油/沉沙池。沙土經過沉淀到池底，油脂經曝氣后浮在液面。經過沉沙池后的污水進入專業治理系統處理后排放。
　　
　　目前應用的污水專業治理是指采用化學法、物理法、生物法等三者之一或綜合應用3種方法進行治理。
　　
　　滲瀝水處理采用在線式自動監測設備，自動控制采用可編程控制器（PLC）與PC工作站聯網，可實現關鍵部位的自動監測及控制。
　　
　　綜合比較各種垃圾滲瀝水的治理達標方法的投資、技術、運行成本、管理等各方面因素，垃圾滲瀝水集中治理是既經濟又合理的。